تشكل الهجرة غير النظامية خطورة على النساء والفتيات بشكل خاص. غالباً ما يحاول المهربون إجبار النساء على الدفع بالخدمات الجنسية مقابل خدماتهم. أظهرت دراسة أجرتها اليونيسف عام 2017 أنه كان على النساء والأطفال الاعتماد على نظام دفع الاستحقاقات أولاً بأول خلال التعامل مع المهربين (حيث يتم دفع تكاليف الرحلة كاملة إما على الطريق أو في الوجهة) وغالباً ما انتهى الأمر بهم مديونين، ليصبحوا أكثر عرضة للإساءة والاتجار. 

بمجرد الوصول إلى أوروبا، تقول العديد من النساء أنهن تواجهن مستويات عالية من التحرش والإساءة خلال إقامتهن في مراكز الاستقبال والاحتجاز وأماكن إقامة مؤقتة أخرى.غالباً ما لا يتم تلبية الاحتياجات المحددة للمهاجرات المستضعفات. تكافح النساء الحوامل للوصول إلى الرعاية الصحية والفحوصات المنتظمة. كما أن الظروف المعيشية غير الصحية تزيد خطر حصول مضاعفات عند النساء الحوامل.

يكون الأطفال المهاجرون أكثر عرضة للخطر خلال رحلة الهجرة غير النظامية. هناك العديد من الحالات الموثقة لوفيات أطفال وتعرضهم للإساءة والاستغلال أثناء رحلتهم إلى أوروبا. أظهر مسح أجرته المنظمة الدولية للهجرة بين أكثر من 4،700 مهاجر في إيطاليا أن 77% من الأطفال قالوا أنه تم احتجازهم رغماُ عن إرادتهم، معظمهم في ليبيا.

بمجرد وصول القصر غير المصحوبين إلى أوروبا يضيع عدد كبير منهم. تظهر البيانات الحالية اختفاء أكثر من 30،000 قاصر غير مصحوب ما بين عامي 2014 و2017. وهناك مخاوف أن يكون هؤلاء الأطفال ضحايا لمنظمات إجرامية ويمكن أن يكونوا معرضين لخطر العمالة والاستغلال الجنسي.